分離課税とは、給与所得、事業所得などの所得と分離して所得を計算し、課税する仕組みのことを指します。不動産の譲渡によって得た所得は、給与所得や次長所得などの所得と合計せず、切り離して課税されます。例えば仮に給与所得が300万円、不動産の短期譲渡所得が300万円あったとする。この場合、その合計の600万円の所得に対して課税されるわけではなく、給与所得の300万円に20パーセント、不動産の短期譲渡所得に30パーセントの所得税がかかります。住民税も同様に二つの所得を別々に計算します。分離課税には、自動的に天引きされる源泉分離課税（利子など）と、確定申告をして税金を納める申告分離課税（不動産や株式の譲渡など）があります。